A pesar de su empaque, se trata de una hermandad joven. Fue en el verano del año 2000 cuando empezó a gestarse la idea de fundar una nueva cofradía por un grupo de quince personas.
En enero de 2001 se creó la Asociación Parroquial de la Sagrada Mortaja, dependiente de la parroquia de San Miguel.
El 26 de septiembre del 2003, el obispo de Cádiz y Ceuta, Antonio Ceballos, firmó el decreto por el que se constituyó como hermandad de penitencia.
El 18 de febrero de 2005, las imágenes de la Sagrada Mortaja presidieron el Via Crucis que anualmente celebra el Consejo Local de Hermandades y Cofradías, portando sus titulares en andas en sobrio y solemne cortejo procesional hasta la parroquia de Santa María de la Palma. Era el primer culto externo de la hermandad.
Sería el 6 de abril de 2007, Viernes Santo, cuando por primera vez esta hermandad hizo la primera estación de penitencia a la Parroquia Mayor de la Palma, desfilando en segundo lugar entre las cofradías del Cristo de la Misericordia y el Santo Entierro.
Según explica su hermano mayor, Manuel Sanz, el desfile procesional de la Sagrada Mortaja se caracteriza porque se realiza “totalmente en silencio. No podemos mirar hacia atrás, no podemos hablar, nada más que comunicarnos con el celador para cosas puntuales. No sólo los nazarenos, sino también el resto. El mejor aplauso que me gusta para mi paso es el silencio”.
El desfile es también muy organizado y riguroso y se distingue por portar 18 acólitos con ciriales, que simbolizan las 18 antorchas que, según las escrituras, acompañaron a Jesús en su muerte. En la provincia, es la única hermandad que utiliza este recurso.
La hermandad de penitencia porta un única paso, pero con ocho imágenes. Representa el misterio del descenso de la cruz de Jesucristo, y cómo lo tienen entre sus brazos amortajado. Junto a él, en el paso, se encuentran José de Arimatea, Nicodemo, San Juan Evangelista, María Magadalena, María Salomé, María Cleofás y María Santísima de la Piedad.
Pese a tratarse de un paso de especial envergadura, es portado sólo por 39 costaleros, en el más estricto rigor.
